Kontraindikacija za homeopatsko lečenje postoji jedino onda kada su u pitanju oboljenja kod kojih su konvencionalna sredstva lečenja efikasnija i uspešnija od homeopatskog.
To znači da homeopatija u klasičnom medicinskom pogledu nema kontraindikacije ali da, ukoliko se primenjuje tamo gde joj nije mesto, može da naškodi pacijentu, ne u klasičnom smislu- nepovoljnim medikamentoznim dejstvom, već izostalim ili slabijim efektima uz gubljenje vremena koje nekada može biti presudno i sudbinsko za pacijenta. Ovde ponovo mora da se naglasi značaj medicinskog obrazovanja (i klasičnog i homeopatskog) homeopate koji leči pacijenta i njegove odgovornosti u preuzimanju slučaja.