Homeopatija ima ograničen efekat kod pacijenata kod kojih je patološki proces doveo do funkcionalnog i organskog oštećenja u tolikom stepenu da samoregulatorni mehanizmi ne mogu da se aktiviraju homeopatskim lekom jer su nekompetentni da pokrenu i podrže proces samoisceljenja. To su najčešće oboljenja usled hormonalnih deficita, takođe usled deficita nutritivnih (hranljivih) supstanci a bez kojih je onemogućeno funkcionisanje organa i organizma (minerali, vitamini, opšti kalorijski unos), kod malignih oboljenja, kod psihoza kao i kod teških neuro-degenerativnih i autoimunih oboljenja.
U svim ovim slučajevima može se pokušati sa homeopatskim lečenjem, ali treba znati da je homeopatski učinak u ovim oboljenjima značajno ograničen.