Kontraindikacija za homeopatsko lečenje postoji jedino onda kada su u pitanju oboljenja kod kojih su  konvencionalna sredstva lečenja efikasnija i uspešnija od homeopatskog.
To znači da homeopatija u klasičnom  medicinskom  pogledu nema  kontraindikacije ali da, ukoliko se primenjuje tamo gde joj nije mesto, može da naškodi pacijentu, ne u  klasičnom smislu- nepovoljnim medikamentoznim dejstvom, već  izostalim ili slabijim efektima uz gubljenje vremena  koje nekada može biti presudno i sudbinsko za pacijenta. Ovde ponovo  mora da se naglasi značaj medicinskog obrazovanja (i klasičnog i homeopatskog)     homeopate  koji leči pacijenta i njegove odgovornosti u  preuzimanju slučaja.