Nakon  homeopatskog razgovora i pregleda homeopata  mora da  odredi lek koji će dati pacijentu, što  nekada  može da traje duže i od samog vremena provedenog sa pacijentom. Proces određivanja leka, pogotovo ako se kod pacijenta radi o hroničnom oboljenju, zahteva veliko znanje i strpljenje. Naime,  sve što je homeopata saznao o pacijentu i u vezi sa njegovim tegobama mora da sabere i da  uz pomoć homeopatskih knjiga (Repertorijum  i Materija medika) dođe do leka ili lekova koji će za pacijenta biti najpovoljniji. Pri odabiru leka u obzir se svakako mora  uzeti i  ukupna psihofizička slika pacijenta, tj. celokupnost pacijenta, te se  može reći da homeopata u isto vreme mora da poštuje i ukupnost i individualnost simptoma da bi odredio lek.


REPERTORIZACIJA

Repertorizacija je  proces u toku koga homeopata, uzimajući u obzir tzv. ključne simptome,  dolazi do zaključka koji lek/lekove treba da prepiše pacijentu. U toku repertorizacije dolazi do izražaja umeće homeopate jer od mnoštva simptoma (u homeopatiji se simptomima nazivaju  subjektivne tegobe  i objektivna zapažanja) treba izabrati nekoliko, tzv. ključnih simptoma koji karakterišu i ocrtavaju slučaj.
Nakon izdvajanja ključnih simptoma potrebno je konsultovati  repertorijum.
Repertorijumi su knjige koje abecednim redom  imaju poredane simptome (npr. simptome vezane za um, disajne organe, organe za varenje, ginekološke organe, kožu itd.) i pored svakog od  njih nabrojena homeopatska sredstva koja ih izazivaju sa oznakom ranga važnosti. Ono sredstvo koje se ponavlja  u  sklopu najvećeg broja simptoma i sa većim rangom važnosti  je   najverovatniji lek koji će homeopata  prepisati. Da bi homeopata potvrdio izbor leka, potrebno je konsultovati i  Materiju mediku  (Materia medica), koja je homeopatska farmakopeja sa abecedno poredanim svim homeopatskim lekovima i  njihovom slikom, tj. opisom njihovih  efekata  na zdrave osobe. Ukoliko se  lek, koji je izabran repertorizacijom, uklopi  u opštu sliku pacijenta, onda je dobro odabran i može se  prepisati.
Kako smo videli,  postupak  oko određivanja leka traje izvesno vreme te se retko  desi da  se  lek  prepiše odmah po pregledu, obično je to kasnije istog dana ili sutradan (nekada i kasnije). Pošto su u pitanju hronična oboljenja nije neophodno da se sa terapijom započne istog časa.
Dajući lek pacijentu, homeopata će  pacijenta upoznati sa  nazivom leka i njegovom potencijom, dozom,  načinom uzimanja  i čuvanja,  sa vremenom prve kontrole i sa mogućnošću nastanka medicinske agravacije (pogoršanja).