Iako prava istorija homeopatije počinje pre oko 200 godina radovima i delom osnivača homeopatije Samjuela Hanemana, osnovi homeopatskog razmišljanja mogu se naći još u vreme Hipokrata (V vek pr.n.e.). Hipokrat je, pokušavajući da objasni mehanizme poremećaja zdravlja i mehanizme lečenja, uočio da postoje dva pristupa u pokušaju lečenja pacijenta: jedan, kada se simptomi bolesti nastoje suzbiti suprotnim sredstvom, po principu "suprotno se suprotnim leči", i drugi, kada se u terapiji primeni sredstvo koje bi primenjeno kod zdravog pojedinca izazvalo simptome koje kod bolesnog hoćemo da izlečimo (po principu ″slično se sličnim leči″). Evo kako bi se to praktično objasnilo:″SUPROTNO SE SUPROTNIM LEČI″: npr. kada pacijent ima visoku temperaturu, dajemo mu sredstvo za snižavanje temperature, kada pacijent ima dijareju (proliv), dajemo mu sredstvo koje ga suzbija (iz ovih primera vidimo da je  ovaj princip uglavnom stav današnje zvanične medicine);
″SLIČNO SE SLIČNIM LEČI″: npr. ako bolesnik ima visoku temperaturu, dajemo  mu sredstvo koje bi kod zdrave osobe izazvalo povišenu temperaturu. 
U istoriji medicinske prakse ova dva principa su se preplitala  (pacijenti su bili lečeni i po jednom i po drugom principu), ipak se  kasnije zvanično medicinsko učenje  opredeljuje skoro isključivo za  prvi princip (suprotno se suprotnim leči).
Otac homeopatije je SAMJUEL HANEMAN (Samuel Hahnemann, r. 1755.god. Meissen, Saksonija). Haneman je od rane mladosti pokazivao svoju radoznalost i inteligenciju kao i sklonost hemiji i medicini. Znao je nekoliko jezika.  Zbog odličnog uspeha u školi bio je oslobođen školarine te je upisao Univerzitet u Lajpcigu, 1791. god. dobio je titulu doktora medicine i počeo sa lekarskom praksom.  U praksi se suočio sa grubim metodama lečenja tadašnje zvanične medicine (velike doze lekova, ispuštanje krvi, drastična laksativna sredstva) koje bi neretko dovodile i do smrti bolesnika. Haneman je bio razočaran  skromnim rezultatima takvog lečenja te je prekinuo lekarsku praksu i posvetio se prevođenju, ali nije napustio nadu u postojanje metode lečenja koja bi lečila na mnogo prirodniji, bezbolniji, bezbedniji  i efikasniji način.  U toku prevođenja Kalenovog  ″Priručnika farmakologije″  naišao je na opis  kore kinina, biljke koja se koristila u lečenju malarije. Nije mu se svidelo Kalenovo objašnjenje mehanizma dejstva kinina kod malaričnih bolesnika i odlučio je da isproba dejstvo kinina na sebi. Počeo je svakodnevno da uzima manje doze kinina i budući da je znao simptome malarije (iz svoje lekarske prakse), primetio je da je dobio iste simptome koje su imali i  bolesnici od malarije. Poznavajući istoriju medicine, samim tim i stavove Paracelzusa, narodne medicine i herbalistike, uvideo je da su ti stavovi najverovatnije ispravni, ali da se o tome ne može olako doneti sud  sve dok se lekovi ne provere eksperimentalno na zdravim osobama i takav način provere je nazvao  ″potvrđivanje″. Kasnijim ″potvrđivanjima″ na sebi, svojoj porodici i prijateljima Haneman je uvideo i dokazao da se bolest može izlečiti onom supstancom  koja kod zdravog izaziva iste simptome bolesti,  čime je bio postavljen prvi i osnovni zakon homeopatije  ″Similia similibus curentur - neka se slično sličnim leči″. Haneman je ponovo počeo da se bavi lekarskom praksom,  ali  sada  primenjujući lekove na potpuno drugim principima. Još veći podstrek dali  su mu rezultati lečenja koji su bili značajno bolji u odnosu na rezultate tadašnje zvanične medicine.
U kasnijem radu sa pacijentima primetio je da mnogi lekovi imaju neželjena dejstva. Želeći da ih izbegne, Haneman je počeo da razblažuje lekove, međutim, što je i logično, nakon značajnijeg razblaženja leka terapeutski efekat bi se smanjio ili  izostao. Tada je Haneman došao na ideju da prilikom  procesa razblaživanja lek protrese (a ne meša - što je radio do tada). Lek razblažen na ovaj način nije više imao neželjena dejstva, a bio je efikasan, čak efikasniji od bazične koncentracije! Ovu pojavu Haneman je objašnjavao ″prenošenjem energije sa leka na podlogu-rastvarač″, a takav lek je nazvao  ″potenciranim lekom″.
Opisujući ovaj postupak i primenjujući takav način lečenja, izazivao je nepoverenje i podsmeh kod najvećeg dela svojih kolega. Međutim, ništa ga nije moglo pokolebati  u nastojanju da dalje  eksperimentiše,  a lečenjem i uspesima u praksi i dalje dokazuje efikasnost svoje metode lečenja. U daljem radu Haneman je ispitao oko stotinu lekova, pisao je knjige, lečio mnoge pacijente i svoja iskustva je vredno beležio. Godine 1810. svoje stavove i svoja iskustva  objavio je u delu  ″Organon  racionalnog lečenja″,  a 1811. godine objavljena je ″Medicinska materija″   (Materia medica), dela u kojima je detaljno opisao  principe homeopatskog lečenja kao i potvrđene homeopatske lekove i njihovo dejstvo. Ova  dela su još uvek abeceda homeopatije i svaki homeopata im se uvek vraća diveći se stvaralačkom radu i upornosti nadahnutog oca homeopatije.
Haneman je u toku  sredine 19. veka postigao veliki uspeh homeopatskim lečenjem kolere koja je u tom periodu harala Evropom           (postoje dokumenti koji dokazuju značajno manju smrtnost  u odnosu na  tadašnje konvencionalno lečenje), te je tada osnovana i Lajpciška homeopatska bolnica.  Međutim,  za tadašnju konvencionalnu medicinu teško je bilo prihvatiti činjenicu  da  je samo jedan čovek, koji je u početku radio sam,   utemeljivač novog i efikasnog  sistema lečenja koji ima potpuno drugačije principe od dotadašnjih, a prihvatanje takvih principa bi potpuno obrnulo zvanični pristup  lečenju. Svaka   rasprava  lekara  o homeopatiji dovodila je do značajnih neslaganja i nepodudaranja   u stavovima, a sam Haneman je oštro napadao  kolege zbog  zvaničnih  metoda lečenja koje su primenjivali. Zbog svog teškog karaktera i  upornosti bio je stalno u sukobu sa nemalim brojem lekara i farmaceuta.  Kad  je obostrana netrpeljivost dostigla vrhunac, Haneman prelazi u Pariz gde je  zbog velikih uspeha  u praktičnom  radu   stekao popularnost, a takođe  i dalje nastavio   sa dopunjavanjem spisa koji su danas osnova homeopatskog učenja.
Haneman je umro u Parizu u 88. godini života (1843. god.) u dubokoj starosti neuobičajenoj za vreme u kojem je živeo. Mnogi  njegovi  sledbenici (K.Hering, J.Tyler Kent, A.Lippe,E.Nash, O.Boericke) širili su homeopatska saznanja i homeopatsku praksu unapređujući homeopatiju i uvodeći u homeopatsku praksu novine koje i danas čine, zbog uspeha u lečenju, osnov zbog kojeg se homeopatski metod lečenja  vrlo brzo  raširio i učvrstio širom sveta.